وذاعت آراء نسطوريوس وبلغتْ إلى الإسكندرية، فحاربها حبرها البطريرك كيرلُّس (٣٧٦–٤٤٤) في بيانه الفصحي الذي أذاعه سنة ٤٢٩ وأيد فيه الاعتقاد بالطبيعتين، ثم كتب إلى زميله القسطنطيني موضحًا له أن تسمية البتول بوالدة الإله لا يعني أن مبدأ اللاهوت هو منها، بل إِنَّ المولود منها هو إلهٌ كاملٌ وإنسانٌ كامل، وكان نسطوريوس معجبًا بنفسه فقابل كيرلُّس بالانتفاخ والتحقير، فكتب كيرلُّس بهذا الصدد إلى حبر رومة وبطريرك أنطاكية، وإلى عدد مِنْ رؤساءِ الكهنة في الشرق، فعقد حبر رومة مجمعًا محليًّا في السنة ٤٣٠، واعتبر تعليم نسطوريوس غيرَ قويم، وكتب إليه وهدده بقطع العلاقات، وكتب يوحنا بطريرك أنطاكية إلى نسطوريوس أن يبرأ مما اعتراه من وهم بشأن تسمية العذراء بوالدة الإله. وذِكْره أن هذه التسمية وردت لكثيرين من مشاهير المعلمين والآباء، وكتب أكاكيوس رئيس أساقفة حلب، وكان شيخًا أناف على المائة سنة، إلى كيرلُّس يرجو منه أَنْ «يجتهد في إطفاء نار الخصومة ضنًّا براحة الكنيسة.»
وجاهر بعضُ رُهبان القسطنطينية بمعارضة بطريركهم، فطردهم البطريرك واضطهدهم، فكتبوا إلى ثيودوسيوس الثاني يطلبون عقد مجمع مسكوني، وطلب نسطوريوس نفسه عقد مجمع مسكوني، فقبل الإمبراطور ودعا إلى مجمع مسكوني في إفسس في السنة ٤٣١ بعد العنصرة، ولَبَّى الدعوة مائتا أسقف بينهم كيرلُّس بطريرك الإسكندرية ونسطوريوس بطريرك القسطنطينية ويوبيناليوس أسقف أوروشليم، وتخلف يوحنا بطريرك أنطاكية وممثلو بابا رومة، والتأم المجمعُ برئاسة كيرلُّس بطريرك الإسكندرية. ولكن نسطوريوس أَضْرَبَ عن الاشتراك فحكم المجمع عليه بالقطع. ثم تُليت الرسائل التي كان قد وجهها إلى نسطوريوس كلٌّ من كيرلُّس بطريرك الإسكندرية وكليستينوس بابا رومة، كما تلي قرار مجمع رومة فصدَّقها