أخذه في صحبته ولما توفى سعيد باشا وخلفه اسماعيل باشا أبقاه في مناصبه بالمستشفى والمدرسة وفى سنة ۱۲۹۰ هـ نال الرتبة الأولى من الصنف الثانى وفى أو أخر سنة ١٢٩٢هـ انقطع عن العمل ولزم بيته ولم يعلم السبب في ذلك فلما كانت الحرب بين مصر والحبشة صحب الحملة المصرية التى وجهت إلى الحبشة برفقة الأمير حسن باشا نجل الخديوى اسماعيل باشا وأدى هناك أجل الخدم ثم عاجلته المنية ودفن هناك سنة ۱۲۹۳ هـ الموافقة لسنة ۱۸۷۷ م ولم يعلم أحد مكان ضريحه وتضاربت فيه الأقوال ومنها ما رواه حضرة مصطفى أفندى صبرى قمندان حملة طوكر إذ قال « بلغنى من بعض الأحباش أن المرحوم الدكتور محمد على باشا البقلى قد أقيم له قبر ببلدة تسمى جراع بين عدوى وأسمرة إلا انه أقرب إلى هذه من تلك و شيدت فوق القبر قبة عظيمة يزوره فيها الأحباش على اختلاف طوائفهم ومذاهبهم تعظيما له وتخليداً لذكره ، وكان رحمه الله حائزاً للنشان المجيدى من الرتبة الثالثة ناله مكافأة له على جهاده في مقاومة الهواء الأصفر سنة ١٨٦٥ م وله في الطب مؤلفات حسنة منها كتاب في العمليات الجراحية الكبرى سماه «غاية الفلاح فى فن الجراح ، طبع سنة ١٨٦٤ م في جزئين وكتاب غرر النجاح في أعمال الجراح في الجراحة أيضاً في مجلدين طبع سنة ١٨٤٦م وكتاب روضة النجاح الكبرى فى العمليات الجراحية الصغرى طبع سنة ١٨٤٣م وله كتب أخرى غيرها لم تطبع أو لم يتم تأليفها وأصدر مجلة شهرية اسمها اليعسوب سنة ۱۸٦٥ م وكان يساعده في تحريرها الشيخ ابراهيم الدسوقى المطبعة الأميرية وهى أول مجلة طبية صدرت باللغة العربية مصحح وباشر تأليف قانون فى الطب وقانون فى الألفاظ الشرعية والمصطلحات السياسية ولم يتمهما وكان رحمه الله عاملا على بث العلوم والمعارف بين أبناء وطنه شفوقاً بالفقراء طويل الأناة فى علاجهم حسبة لا يلتمس منهم عليه أجراً ومما هو جدير بالذكر أن معظم الأساتذة وممن تولى رئاسة المدرسة C
