محمد على باشا وبعد قليل أنشى مجلس الصحة وكان ثلاثة أعضاء يرأسهم بوزارى ولم يكن كلوت واحدا منهم واجتمع هذا المجلس اجتماعه الأول في الخانقاه على بعد سبعة أميال من القاهرة الى الشمال الشرقى منها وذلك في ٢٥ مارس سنة ١٨٣٥م وخوله محمد على باشا السلطة على الأطباء فكتب الى كلوت بك يعينه في وظيفته و بعد قليل عين كلوت ولويجي السندرى ( وهو صيدلاني صيدلية القلعة ) عضوين فيه فلم يلبث كلوت حتى أدخل النظامات الصحية الفرنسية في هذا المجلس ثم وجه اهتمامه الى تنظيم أحوال الجيش الصحية بالنظام الفرنسي وكان أطباء الجيش يلبسون كالضباط وتوجه اليهم النياشين وألقاب الشرف مثلهم . ولما كان مقام الجنود فى الخانقاة عزم كلوت بك إنشاء مستشفى لهم وكان بالقرب من ذلك المكان بناء رحب أصله ثكنة للفرسان فاستخدمه لهذه الغاية فكان خاصاً بمرضى الجيش فقط فى أول الأمر ثم جعل عاماً لجميع المرضى فتكللت أعماله بالنجاح وحينئذ خطر له أن ينشيء مدرسة للطب بجانب هذا المستشفى رغبة في تكثير سواد الأطباء الوطنيين للجيش وعرض الأمر على محمد على باشا فاستصوبه وأمر بالشروع فيه فأنشئت مدرسة أبي زعبل الطبية وقد رأى كلوت بك من وراء ذلك صعوبات شتى تعترضه ولكنه الحزمه وعزمه تغلب عليها جميعاً والصعوبة الأولى التي اعترضته كانت مسألة اللغة لعدم معرفة الأساتذة المراد استخدامهم اللغة العربية وعدم معرفة التلاميذ للغة الفرنسية أو غيرها من اللغات الأوربية فأقام المترجمين بين الأساتذة والطلبة والصعوبة الثانية هي اعتقاد الأهالى بأن تشريح جثث الموتى ممنوع دينياً فتباحث مع مشايخ الدين في هذه المسألة وأثبت لهم أن تشريح الموتى من أنفع الغايات للأحياء وعلاجهم وكان محمد على باشا من أكبر المساعدين لكلوت بك في هذا الأمر ولكنه أخذ الأمور بالتؤدة فلم يرخص بالتشريح ترخيصاً صريحاً ولكنه وعده بأن لا يعترضه أحد .
